亏损，稍稍增加民田负担。常州当时有额外多征的粮米，他就奏报朝廷以六万石大米补夏季田税缺额，又补其他府户口盐钞税六百万贯，公私两便。所辖区发生水灾，他奏免秋粮六十余万石，四处救济借贷，救活了二百多万人。

江南每年向内府输送白熟粳糯米十七万余石，送交各府部糙粳米四万四千余石，百姓很多因此破产，而光禄寺一概供应给厨子、工匠。此外宦官横征暴敛，各地输送上的贡物，负责收贡物的官员一概都超额索取。织造丝绸以及采花捕鸟的人，道路上络绎不绝，王恕先后向朝廷陈述其害，意见都不被采纳。

宦官王敬携同妖人千户王臣南行收罗药物、珍玩，所到之处骚扰不安，县令很多被侮辱。王敬一行到了苏州，召诸生写妖书，诸生群情激奋。王敬奏告诸生违抗命令。王恕急忙上疏说：“正值灾年，应该遣使赈济，王敬反而横蛮地索取珍玩。以前唐太宗暗示梁州献名鹰，唐明皇命令益州织半臂褙子的异服，献琵琶杆拨子、镂牙合子这些东西，李大亮、苏颋拒不奉诏。臣尽管比不上他们，却敬慕李大亮这样的人。”接着把王敬等的罪状全都一一列出。王敬也诬奏王恕，并牵涉逮捕了常州知府孙仁，王恕上书直言救孙仁，三次上疏弹劾王敬。正碰上宦官尚铭也揭发王敬的罪状，宪宗于是将王敬等逮捕下狱，罚其党徒十九人戍边充军，而在街市将王敬斩首示众，将其首级送到南京。

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宪宗改任王恕为南京兵部尚书，此时钱能也守备南京，对人说：“王公，是天界之人，我恭敬侍奉而已。”王恕坦诚待他，钱能终于收敛了许多。当时林俊被下狱，王恕上疏说：“天地只有一坛，祖宗只有一庙，而佛却有千余座寺，修建一寺，移民有数百家，花费国库几十万两银子，这是很不应当的。林俊说的对，不应该判罪。”宪宗见到奏疏后不高兴。

王恕对事情从容陈述毫不回避，先后应诏陈述政事二十一次，提出建议三十九次，都极力阻止权贵宠臣的胡作非为，天下人倾心敬仰他，每当政事遇到不合理的情况，必定有人说：“王公怎么不说呢？”要不就说：“王公的奏疏马上到了。”事毕后，王恕的疏文果然到了。当时歌谣说：“两京十二部，独有一王恕。”权贵宠臣都对他十分嫌恨，宪宗也对他颇感厌烦。

宪宗起用传奉官，王恕进谏更加深切，宪宗愈加不高兴，王恕之前已加职太子少保，时逢南京兵部侍郎马显上疏请求辞官，宪宗忽然在批文上附上王恕以太子少保退休，朝野群臣得知后大为惊骇。王恕多次任巡抚，从侍郎到尚书，都在留都南京，由于喜欢直言以对，终于无法呆在朝廷。他回到家乡后，名望更高，廷臣不断向上推荐他，工部主事王纯把王恕比作西汉的汲黯，以至受到杖责，被降为思南府推官。

直到孝宗朱佑樘即位后，才采纳廷臣的举荐，召王恕入朝任吏部尚书，不久加职太子太保。先前，朝内外弹劾内阁大学士刘吉的官员，必定举荐王恕，刘吉因此大为怨恨王恕，凡是王恕所推举的，他必定暗中阻挠。

言官弹劾两广总督宋旻、漕运总督丘鼐等三十七人应该降职免职，这其中有很多向来有名望的官员。刘吉竟然直接领旨予以批准，奏章不下到吏部。王恕因为不能行使其职权，上疏请求离去，孝宗不批准。陕西缺巡抚，王恕推荐河南布政使萧祯，孝宗下诏另外推选，王恕坚持上奏说：“陛下不因为臣不成器，任臣就职吏部。如果臣所举荐无效，是臣的罪过。现在陛下怎么知道萧祯不才而回绝？想必是左右近臣意有所属。臣不能指望以顺风倒来保住官位，陛下既认为萧祯不值任用，则是认为臣不值任用，希望放臣回乡以保全臣这把老骨头。”孝宗终于任用萧祯。

当时言官多称王恕辛苦并且年老，不适合担任繁重的职务，应该安置在内阁参予一些大政