，嘱托魏忠贤传旨，告诉韩爌与其他阁臣同具敬畏之心共同协力办事，责令次辅不要无所作为，韩爌感到害怕，立即上疏乞求退休，疏中有“左右前后务近端良”、“肃纪纲以肃朝宁”等语，规劝天启帝不要亲近魏忠贤等奸宦，魏忠贤和他的同党更加怀恨他。皇帝下旨挽留，各辅臣按惯例向皇帝求情，想让皇帝好言劝慰韩爌，皇帝没有回音，韩爌愤然辞职退隐而去。

韩爌离职后，朱国祯成为首辅，李蕃攻击他，朱国祯被迫离职，顾秉谦代替他成为首辅，公卿百官都成为魏忠贤的私党了。逆党李鲁生受魏忠贤指示，弹劾韩爌，将韩爌除名，剥夺官籍。崔呈秀、杨维垣等又利用其他事件，判他窝藏赃款二千两，令巡抚收他的家仆韩三交付诏狱，令韩三诬陷他，韩三至死不肯妄招，许显纯也未敢捏造供词。韩爌依然不得已出卖田宅和向亲友借贷，偿还了所谓“赃银”，以至无处栖身而居于先人墓地。当时，阉党所作的《天鉴录》《东林点将录》等，韩爌皆名列前排。

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有些人争相请求皇上征召任用韩爌，被逆党杨维垣等人压制了，只是赐圣旨慰问他，让他的一个儿子做官。到了五月，才派遣行人召用他，回到朝廷，重任首辅。皇帝在文华后殿批阅奏章，召见韩爌等人，告诉他们草拟圣旨务求消除不同的意见，开诚布公，互相团结，希望做到最好。韩爌等人叩头称谢，退出来说：“皇上所说的非常好，而机密政务，各臣讨论拟旨，不必在外廷明确表示分歧意见。至于我们早晚进入宫中，势必不能报答宾客。商量政事的人，应该在朝房相见，而禁止在私人府第交谈国事。”皇帝立即下诏让百官遵守执行。

不久，皇帝便命韩爌与李标、钱龙锡主治魏党，列名二百六十二人，罪分六等，名曰“钦定逆案”，布告全国，分别予以处置。崇祯帝要韩爌、李标等阁僚拟定惩治“魏党”名单，韩爌等认为，要犯从严，协从不问，不宜诛连太多太广，况多数人实为魏忠贤淫威所逼，以求自保而为之，遂仅列首逆要犯五十余人上报，崇祯帝不满。再次上呈的名单仍然只有几十人，皇帝还是不满，后皇帝所想惩治的258人被一一列上，方才满意。但崇祯帝仍怀疑朝内有党，疑忌大臣，并安插很多厂卫探子，对朝臣进行暗地监视，搞得朝庭上下，人人自危。这时，韩爌等顾命老臣向皇上上奏：“人臣不可以党事君，人君亦不可以党疑臣。总当详核人品，辨别忠奸，然后举措得当。若堂上戈矛妄起，宫中横分畛域，恐非国家之福。”并被崇祯帝采纳。

当时，谈逆案论的人，都争相攻击吏部尚书王永光，其中以南京礼部主事王永吉最为卖力，皇帝很不高兴，将要处罚他。韩爌等人说王永吉得不到宽恕，王永光一定不会安宁，于是只剥夺王永吉的俸禄一年。工部尚书张凤翔报告厂、库原来的陋****发脾气，召见廷臣当面询问责备。巡视科道王都、高赉明二人极力辩白，皇帝命令锦衣官逮捕他们，韩爌、李标、钱龙锡一起营救他们。而这天王永光因为毛羽健上疏弹劾他，请求皇帝追究主使的人。韩爌退朝，再三营救王都等人，并且说王永光不应该请求皇帝追究言官。皇帝不接受，然而毛羽健最终得以幸免，韩爌当时中允持正，保护官员、压制邪党，此对当时稳固政权，安抚人心，起到了相当重要作用。

大学士刘鸿训因为张庆臻敕书的事情被重罚，韩爌上疏营救，皇帝不听。温体仁攻击钱谦益，御史任赞化也上疏攻击温体仁，皇帝召见廷臣，温体仁极力诋毁任赞化和御史毛羽健是钱谦益的死党。皇帝很愤怒，痛切责备任赞化。韩爌请求宽免任赞化，安抚温体仁。皇上于是说：“提意见的人不为国担忧却培植私党，自命名为东林，对朝廷事务有什么补益？”韩爌退回，他的上奏说：“臣子不可以拿结党拉派来服务皇帝，皇帝也不可以拿结党拉派来怀疑