南京刑部照磨，调任兵部主事。

征召改任吏部，提升员外郎，因病免职，后起用候补验封，陈述吏治十件事，百姓疾苦八件事，奏疏接近一万言。文选员外郎空缺，尚书宋熏请求任用邹元标，很久都没有消息，宋纁接连上疏催促。给事中杨文焕、御史何选也帮着说话。明神宗大怒，斥责宋纁，将杨文焕、何选贬到外地，而将邹元标调往南京。刑部尚书石星为他辩解，也遭到明神宗的责备。

邹元标在南京过了三年，称病回家，很久之后，起用为本部郎中，不去赴任。不久，母亲死，定居乡里讲学，跟他学习交游的人一天比一天多，名气也越来越大，朝廷内外上疏举荐被遗失的人才，共有几十甚至百道奏疏，没有不把邹元标列在第一位的，终于不被起用。邹元标整整三十年居家讲学，未涉仕途，在这期间，邹元标与顾宪成、赵南星成为“东林党三君”。

明光宗即位，征召邹元标为大理寺卿，尚未到任，被提拔为刑部右侍郎。邹元标重返朝廷，有感于朝内党派纷争，大臣各怀偏见的情况，向明熹宗进谏“和衷”之议，说：“现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反而专门致力于分立门户派系。卑臣以为今天最要紧的，只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了，天地之间自然就和顺了。

以前讨论人和事，每个人都心怀偏见，偏见导致迷乱，迷乱导致固执，固执转而自私，不再知道有别人，国家的灾祸就降临了。现在跟各大臣立一个约定，讨论一个人应该公平，不要轻易下笔做结论；讨论一件事应该借鉴以前的经验，考虑它的后果，不要不加思考、轻信传闻。用天下万世的良心，来衡量天下万世的人和事，则议论公平，而国家能享受安定和平的幸福。”于是，推荐涂宗浚、李邦华等十八人。明熹宗优先下诏，嘉奖并接受了。过了二天，又陈奏发掘选拔人才、理财振军等数事以及保证安宁的四项规条，并请求征召录用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐，而抚恤、登用罗大大纮、雒于仁等十五人，明熹宗也赞同接纳。

当初，邹元标站在朝廷上，正直威严，令人生畏，晚年努力争取做到和睦平易。有人议论他赶不上刚开始做官的时候有气魄。邹元标笑着说：“大臣跟言官是有区别的。风度超绝，是言官的事情。大臣关心的不是大的利益和损害，就是应当保护扶持国家，怎么能像年轻人那样怒形于色呢？”这时结帮拉派十分兴盛，邹元标讨嫌这种做法，想改正这种陋习，所以他举荐引用的人不拘一格。曾经想推举任用李三才，因言路不通，邹元标没有坚持。王德完讽刺他首鼠两端，邹元标也不计较。南京御史王允成等人以为他们二人有矛盾，请求明熹宗下诏调解。

邹元标说：“我与王德完从来没有矛盾，这一定是有人在从中捣鬼。我曾跟朝中大臣说：‘当今皇帝年幼，敌人就在国门边上，只有同心协力、同舟共济了。倘使再党同伐异，对国家来说就是不忠，对家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不结党的正道，为什么总是在窝里斗个没完呢？’皇帝即位已经很久，但前朝被废黜、死亡的各臣还没有得到赠封照顾，邹元标再次上疏阐述抚恤大典，言辞更为恳切。不久，改任吏部左侍郎，未到任，授官左都御史。

主管在外地官员的考核，离职或是留任全凭公论，御史潘汝祯、过庭训一向有人议论，等过庭训官期任满，潘汝祯的评价充满了赞扬的话。邹元标上疏弹劾，二人一起称病离职。不久，邹元标对京官的考核不公正，专门打击压制跟自己意见不一致的人，请求明熹宗收留录用章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪，又说：“公开下诏征召被遗失的人才，但各老臣的官阶还是三十年