前就应该得到的，应该增加三品抬高他们的官级，表示陛下褒扬尊敬年高德重之人的美德。”明熹宗采纳了他的意见，于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光禄寺三卿各增加了二个名额。

孙慎行议论“红丸案”，邹元标也上疏说：“人之所以存在，是因为有三纲五常。三纲五常所以确立，是因为有信史。我去年乘船经过南中，南中的知识分子都说先皇帝突然驾崩，死因不清楚，传闻不可轻信。我开始还不以为然。等到进入北京城，跟人说起先皇帝有大德，应该尽快记入信史。

各大臣说：‘提到先皇帝弥留之际的大事，叫人停笔不敢下，有谁敢担当这个责任？’我开始对前些天听到的话有了怀疑。首辅方从哲不伸张讨伐逆贼的正义，反而实行奖赏奸细的法令，即使是无心做事，又怎么向世人解释交待。况且方从哲执政七年以来，没有听说有什么建树，只听见说骑在马上一天打三次仗，损失我国十万士卒。请问是在谁当政期间，使先皇受到震惊，奸邪之人闯入内宫、豺狼当道，扰乱朝政？方从哲如何回答？从来惩戒乱臣贼子，都是依靠信史。信史耽误于今天，不知到何时才能写成？”当时刑部尚书黄克缵观望内廷的意图，小官吏们都跟着他，而方从哲世代定居京城，盘根错节的关系不少，崔文升一帮人迎合内廷，极力追究孙慎行和大家的议论，都不能陈述。不久，孙慎行和王纪一起被驱逐，邹元标上疏挽留，明熹宗不听。

邹元标自从回到朝廷以来，不危言耸听，不发表过激言论，对于事物没有猜疑。然而奸诈小人因为他是东林党人，还是忌恨他。给事中朱童蒙、郭允厚、郭兴治担心明年考核京官对他们不利，暗地里想办法赶走他。正好邹元标同冯从吾创建首善书院，集合志同道合的人讲学，朱童蒙首先请求禁止。邹元标上疏辩论请求辞职，皇帝已经安慰挽留，郭允厚又上疏弹劾，语言尤其荒谬没有根据。而魏忠贤刚刚大权独揽，传旨说宋朝之所以灭亡是因为讲学，将要严加谴责。叶向高极力辩解，并且乞求一起辞职，这才下了道温和的诏书，郭兴治和郭允厚又交相上疏大力攻击，郭兴治竟然把他们比作山东的“妖贼”。邹元标更加坚定地接连上疏请求离职，下诏加赠太子太保，乘驿车回家。闭门谢客，进呈《老臣请去国情深疏》，陈述军国大计，而规劝皇帝节制欲望，人们争相传诵。

邹元标在家中病逝，享年74岁，御史张讷请求拆毁天下的讲坛，极力诋毁邹元标，魏忠贤于是假传圣旨剥夺他的官籍，追赠为太子太保、吏部尚书，谥号忠介。

史事讲将1三国明